因提法达导致的权力真空很快就由新领导人和新理念填补上了：巴解组织的精英与巴勒斯坦人失去联系，伊斯兰教基本教义派正取代纳赛尔老掉牙的泛阿拉伯主义。1987年，伊斯兰激进分子建立了伊斯兰抵抗运动组织“哈马斯”，该组织是埃及穆斯林兄弟会的一个分支，致力于发动圣战，摧毁以色列。
科勒克承认，因提法达也“以一种基本的方式”改变了犹太人的耶路撒冷——它摧毁了城市团结之梦。以色列人和阿拉伯人不再一起工作，也不再穿过彼此的住宅区。不仅穆斯林和犹太人之间关系紧张，犹太人内部也开始出现矛盾：极端正统派犹太人不断针对世俗犹太人制造骚乱，后者开始搬出耶路撒冷。基督徒的耶路撒冷的古老世界正快速萎缩，到1995年，这里仅剩下一万四千一百名基督徒。然而，以色列的民族主义者没有稍歇他们使耶路撒冷犹太化的计划。沙龙公然搬进穆斯林区的一间公寓；1991年，宗教极端民族主义者开始在紧挨大卫城原址的阿拉伯西尔万地区定居。看到自己毕生的工作被富有侵略性的救赎主义者击溃的科勒克谴责沙龙和这些定居者，认为他们的“弥赛亚主义从古至今一直在对我们造成极大的伤害”。
因提法达间接促成了奥斯陆和谈。1988年，阿拉法特接受了两国分治方案，并决定放弃摧毁以色列的武装斗争。侯赛因国王放弃了对耶路撒冷和约旦河西岸的主权要求，阿拉法特则计划在这两个地方建立一个以圣城为首都的巴勒斯坦国。1992年，伊扎克·拉宾成为以色列总理，他镇压了因提法达。拉宾为人直率且韧性十足，拥有取得以色列人信赖的一个和平缔造者的必要品质。美国人主持了胎死腹中的马德里和谈，但大部分主要参与者不知道的是，除此之外还有一场和谈，正是这场秘密和谈将会取得重大进展。
这场和谈始于以、巴学术界的非正式和谈。他们曾多次在被视为中立地区的美侨区、伦敦、奥斯陆举行会议。和谈之初，外交部长西蒙·佩雷斯和他的副手约西·贝林（Yossi Beilin）并没有让拉宾得知此事。直到1993年，他们才向拉宾报告了他们与巴勒斯坦人的和谈，拉宾对此表示了支持。9月13日，在克林顿总统的见证下，拉宾和佩雷斯在白宫与阿拉法特签订了协议。约旦河西岸和加沙部分移交给一个巴勒斯坦权力机构，该机构借用侯赛尼的老宅邸“东方之家”作为其耶路撒冷总部，由这座城市最受人尊敬的巴勒斯坦人——那个1948年英雄的儿子费萨尔·侯赛尼＇3＇管理。拉宾和约旦的侯赛因国王签订了一项和平协议，确认由侯赛因国王担任耶路撒冷伊斯兰圣所的监护人，这个角色至今仍由哈希姆家族成员扮演。以色列和巴勒斯坦的考古学家通过谈判达成了学术领域的和睦，并且热情地开始了他们的首次合作。
耶路撒冷难题被搁置到以后的谈判中，在达成一致前，拉宾加紧了耶路撒冷定居点的建设。贝林和阿拉法特的副手马哈茂德·阿巴斯（Mahmoud Abbas）商谈后提出，在一个统一的市政管理下，将耶路撒冷划分成阿拉伯区和犹太区，并给予老城几乎和中东的梵蒂冈市类似的“特殊地位”，但是双方并未签署任何协议。
《奥斯陆协议》可能留下了太多悬而未决的细节问题，而且双方都对这个协议表示了激烈反对。八十二岁的市长科勒克在选举中被获得民族主义者和极端正统派支持的更加强硬的埃胡德·奥尔默特打败。1995年11月4日，贝林和阿巴斯在耶路撒冷问题上达成一项非正式谅解之后的第四天，拉宾被一名犹太狂热分子暗杀。出生在耶路撒冷的拉宾被运回耶路撒冷，葬在赫茨尔山上。侯赛因国王发表了一篇悼词，美国总统和两位前总统参加了葬礼。时任埃及总统穆巴拉克首次访问了以色列，威尔士王子也自以色列建国以来对耶路撒冷进行了唯一一次正式的王室访问。
和平局面开始破裂。哈马斯的伊斯兰基要主义者发起一场自杀性爆炸袭击运动，滥杀以色列平民：一名阿拉伯自杀性爆炸袭击者在耶路撒冷的一辆公共汽车上杀死了二十五人；一周后，另一个自杀性爆炸袭击者在同一条公交线路上杀死了十八人。以色列选民因为巴勒斯坦人的暴力怪罪总理佩雷斯，他们推选利库德领导人本雅明·内塔尼亚胡担任总理，口号是“佩雷斯将分裂耶路撒冷”。内塔尼亚胡质疑土地换和平的原则，反对对耶路撒冷进行任何形式的分裂，并批准设立更多定居点。
1996年9月，内塔尼亚胡开通了一条从西墙出发，经圣殿山通向穆斯林区的隧道。＇4＇当一些以色列激进分子试图向上挖掘圣殿山时，瓦克夫的伊斯兰当局迅速用水泥封住了洞口。谣传隧道挖掘旨在暗地破坏伊斯兰圣地，这一谣言引发了骚乱，动乱中七十五人被杀、一千五百人受伤，这证明在耶路撒冷考古学是值得为之献身的事业。不光以色列人的考古学被政治化，历史也无法逃脱被政治化的命运。巴解组织禁止巴勒斯坦历史学家承认耶路撒冷曾有个犹太圣殿——这项命令来自阿拉法特本人：他是一个世俗的游击队领导人，但与以色列人的情况一样，就连世俗的民族国家叙事也以宗教叙事为基础。1948年，阿拉法特曾与穆斯林兄弟会（他们的武装力量被称为“吉哈德·穆卡达斯”，意为“耶路撒冷圣战军”）并肩作战，他还相信这座城市对伊斯兰教而言有特殊意义：他称法塔赫的武装派别为“阿克萨烈士旅”。阿拉法特的助手承认耶路撒冷是他的“个人迷恋”。他把自己等同于萨拉丁和哈里发欧麦尔，并否认耶路撒冷与犹太人的任何联系。“犹太人对圣殿山施加的压力越大，”巴勒斯坦历史学家纳兹米·朱贝博士说，“巴勒斯坦人就越否认第一圣殿和第二圣殿。”
在骚乱后的紧张日子里，在以色列政府计划在所罗门马厩建造犹太会堂的传言甚嚣尘上之时，以色列人允许瓦克夫清理阿克萨清真寺下的古代过道，然后用推土机挖出一个楼梯，并在希律走廊上新建一座宽敞的地下清真寺——麦尔旺清真寺。珍贵的碎片轻易地被他们抛弃了。以色列考古学家对这种加诸世上最脆弱遗址上的粗鲁的挖掘行动感到震惊，考古学成了宗教信仰和政治之战的牺牲品。
以色列人并未对和平失去信心。2000年7月，克林顿在戴维营的总统寓所内让以色列新总理埃胡德·巴拉克和阿拉法特握手言和。巴拉克大胆地提出一项“最终”协定：将约旦河西岸百分之九十一的土地和东耶路撒冷的所有阿拉伯郊区交给巴勒斯坦人，并同意巴勒斯坦在西岸的阿布迪斯建都。老城仍将处于以色列统治之下，但穆斯林区和基督徒区以及圣殿山则将处在巴勒斯坦人的“主权监护”下。圣殿下面的土地和通道——尤其是圣殿的基石——将仍是以色列人的，而且犹太人首次获准在圣殿山的某个区域祈祷，只是人数有一定限制。老城将由巴以双方联合巡逻，但解除军事管制并向所有人开放。巴拉克已经答应让出老城一半的住宅区，阿拉法特又进一步对亚美尼亚区提出了要求。以色列同意了，最终让出了老城的三个区。尽管沙特向阿拉法特施压，希望他接受这一协议，但阿拉法特认为他既不能就巴勒斯坦人回归权的最终解决方案与以方进行谈判，也不能赞成以色列人对属于所有伊斯兰世界的岩石圆顶清真寺拥有主权。
“您想参加我的葬礼吗？”他向克林顿吼道，“我不会放弃耶路撒冷和圣地的！”但是他拒绝签约其实是出于更基本的理由：谈判期间，阿拉法特坚持声称耶路撒冷从来就不是犹太圣殿的遗址，事实上，圣殿只在撒玛利亚的基利心山上存在过，而对犹太人来说，耶路撒冷的神圣性只是一种现代发明。他的这些话让美国人和以色列人感到震惊。在稍后进行的谈判中，即在克林顿总统任期的最后几个星期内进行的谈判中，以色列人决定让出圣殿山的全部主权，仅保留与至圣之所象征性的某种联系，但阿拉法特仍然拒绝了。
2000年9月28日，反对派利库德集团领导人沙龙在以色列警察的严密护卫下，带着明显威胁伊斯兰世界至爱阿克萨清真寺和岩石圆顶清真寺的“和平信息”，趾高气扬地登上圣殿山，从而使巴拉克面临的问题更加复杂化。这次行动引发的骚乱升级为“阿克萨因提法达”。这场起义中既有像以前一样的向犹太人扔石头的攻击行为，又有法塔赫和哈马斯针对以色列平民的有预谋的人体炸弹运动。如果说第一次因提法达帮助了巴勒斯坦人，那么这次起义彻底摧毁了以色列人对和平进程的信任。阿克萨因提法达导致沙龙当选以色列总理，并且致命地分裂了巴勒斯坦人。
沙龙通过打击巴勒斯坦权力机构、包围和羞辱阿拉法特来镇压因提法达。阿拉法特于2004年去世，以色列人不允许他葬在圣殿山上。他的继任者阿巴斯在2006年的选举中输给了哈马斯。短暂的冲突之后，哈马斯占领了加沙，同时阿巴斯的法塔赫继续统治着西岸。沙龙修建了一道横穿耶路撒冷的隔离墙，一个令人沮丧的刺眼的混凝土怪物，然而它确实成功地阻止了自杀性爆炸。
和平的种子不仅遭到了扼杀，而且还被涂上了毒，连推动和平的人也名誉扫地。耶路撒冷至今还活在一种精神分裂症的焦虑状态之中。犹太人和阿拉伯人不敢冒险进入彼此的街区；而世俗犹太人则要避开极端正统派犹太人，因为这些人会因他们不守安息日或穿戴不敬而向他们扔石头；信奉弥赛亚的犹太信徒试图通过在圣殿山祈祷检验警方的决心，并挑起穆斯林的担忧；而基督徒的各个教派一直吵个不停。耶路撒冷人神色紧张，他们的声音充满愤怒，而且每一个人，甚至那些相信他们正在履行一项神圣计划的三大宗教信徒，都不确定明天将要发生什么。
明天
耶路撒冷比世上其他任何地方更渴望，更希望寻求宽容、分享与慷慨的万能灵药，以解开偏见、排外与强烈的占有欲。这并不容易找到。两千年来，耶路撒冷从未像今天这样如此巨大、如此华丽，如此势不可挡地犹太化。然而，耶路撒冷也是最受欢迎的巴勒斯坦城市。有时，耶路撒冷十足的犹太性呈现出某种融合的面貌，而与这个城市固有的特质格格不入，因而扭曲了这座城市的过去和现在。
耶路撒冷的历史是一部定居者、殖民者和朝觐者——包括在此地长大并多次签订契约的阿拉伯人、犹太人和许多其他人——的编年史。一千多年的伊斯兰统治中，耶路撒冷反复被伊斯兰定居者、学者、苏菲派和身为阿拉伯人、土耳其人、印度人、苏丹人、伊朗人、库尔德人、伊拉克人和马格里布人以及基督徒亚美尼亚人、塞尔维亚人、格鲁吉亚人和俄罗斯人的朝觐者殖民开发，这些人与后来出于类似原因定居在这里的塞法尔迪犹太人和俄罗斯犹太人并没有太多不同。正是这种特点，使得阿拉伯的劳伦斯相信，耶路撒冷是一座黎凡特城市而不是一座阿拉伯城市，而且这完全是这座城市与生俱来的特点。
我们经常忘记，耶路撒冷所有近郊都只不过是1860年到1948年间由阿拉伯人、犹太人和欧洲人兴建的定居点。阿拉伯区，比如谢赫贾拉，并不比犹太区古老，它在合法性上也并不优于或逊于犹太区。
穆斯林和犹太人都有无可指责的历史诉求。犹太人在这座城市居住了三千年，他们对这座城市的尊崇也持续了三千年，所以他们和阿拉伯人一样有权在一个耶路撒冷周围生活、定居。然而，有许多次，连最无恶意的犹太建筑的修复都被视为非法。2010年，以色列人圣化了犹太区内经过修缮的胡瓦犹太会堂，该会堂在1948年被约旦人损毁，但是以色列人这一行为却引发了欧洲媒体的批评和东耶路撒冷小规模的骚乱。
留在以色列的阿拉伯居民遭遇的是截然不同的状况。发现自己经常被强制搬迁，还不时遭到威胁和骚扰，他们的财产被可疑的法律裁决没收，原因是要为新的犹太定居点腾出空间，而这些犹太定居点的建设不仅得到国家和市政府的全力支持，还受到那些肩负神圣使命、胸怀迫切决心的人的大力提倡。咄咄逼人的定居点建设旨在霸占阿拉伯区的地盘，进而破坏共享这座城市的任何和平协议，与之相对应的是对阿拉伯区服务设施和住房建设需求的无视。在这两种因素的作用下，连最无辜的犹太项目建设工程都被冠上了恶名。
以色列有两条道路可选择：一是耶路撒冷式的宗教民族主义国家道路；二是自由的、西化的特拉维夫＇该城市昵称“泡泡�